Tidligere var mye av arbeidet ensidig konsentrert om teologien: man var opptatt av hvordan Luthers teologi brøt med middelalderens teologi og markerte en ny start. Selv om arbeidet med Luthers teologi fortsatt spiller en betydelig rolle, har det blitt stadig viktigere å se på mangfoldet i reformasjonsbevegelsen, og også å sette reformasjonen inn i en bredere historisk kontekst.
Denne konteksten omfatter på den ene siden senmiddelalderens kirke, teologi og fromhetsliv, der vi stadig tydeligere ser at mange utviklingstrekk peker framover mot de endringene som satte seg igjennom med reformasjonen. På den andre siden arbeides det med forandringene av reformatorisk religion på sent 1500-tall og på 1600-tallet. Disse endringene – ofte omtalt under overskriften ”kristendommens konfesjonalisering ” – var på flere måter fundamentale, og mange av dem skjedde på parallelle måter også innen katolsk kristendom.
Protestantisk religion kommer her ikke bare til uttrykk gjennom teologi og kirkepolitikk. Fromhet og spiritualitet vies atskillig større oppmerksomhet enn for bare en generasjon siden, og forskningstemaer som mystikk, ritualer, religion og følelser eller religion og kunst står høyt oppe på forskernes dagsorden. Det meste av dette er også forskningstemaer som ligger til rette for og kan styrkes gjennom tverrfaglig samarbeid med andre historiske disipliner, så som kunsthistorie og kulturhistorie. Det reformasjonshstorisk forskningsmiljøet samarbeider også nært med kolleger i Tyskland og i de andre nordiske landene.