Den norske kyrkja spela ei viktig rolle som nasjonal samlingsfaktor i motstanden mot nazismen. Ho stod fram som forsvarar av individuelle rettar og dei prinsippa som rettsstaten bygde på. Dette var vesentleg for at biskopane og noko seinare ein stor majoritet av prestane la ned embeta sine. Dermed braut dei med naziregimets kyrkjestyre.
Den norske kyrkjekampen vart etablert med opprettinga av Kristent samråd, eit kyrkjeleg samarbeidsorgan som omfatta representantar frå den offisielle kyrkja og dei kristne organisasjonane. Dette skjedde på initiativ frå Oslobiskopen Eivind Berggrav i oktober 1940. Kyrkjesamfunn utanfor Den norske kyrkja slutta seg til dei initiativa som etter kvart kom frå Kristent samråd, og dermed avteikna det seg ein økumenisk kyrkjefront.
I februar 1941 protesterte biskopane mot rettskrenkingane i samfunnet som naziregimet hadde gjort seg skuld i. Dei sende eit hyrdingbrev til kyrkjelydane i Den norske kyrkja. Her skreiv dei mellom anna:
Når samfunnets øvrighet tillater vold og urett og øver press på sjelene, da er kirken samvittighetens vokter.
Dissentartinget, samarbeidsorganisasjonen for dei evangeliske frikyrkjesamfunna, slutta seg til.
Neste fase i kyrkjekampen vart innleidd eit år seinare. 1. februar 1942 tok Vidkun Quisling, leiaren for Nasjonal Samling som hadde gjort statskupp over radio 9. april 1940, tittelen ”ministerpresident” og vart leiar for ei "nasjonal regjering". Ved dette høvet arrangerte den tyske Reichskommissar ein "statsakt" på Akershus festning i Oslo. I Nidarosdomen vart det halde festgudsteneste ved ein naziprest, etter at styresmaktene hadde teke frå domprost Arne Fjellbu å forrette den forordna høgmessa. Men Fjellbu kunngjorde gudsteneste seinare på dagen.
_(4553986981).jpg){kind=link}
Då ei stor folkemengde var komen inn i katedralen, stengde politiet dørene. Fjellbu forretta gudstenesta med dei som var til stades. Utanfor samla deg seg eit par tusen menneske som byrja å syngje salmar. Hendinga sette statsakten i skuggen, og Quisling-regimet svara med å avsetje Fjellbu.
Men det var ikkje det viktigaste. 5. februar kom det to lover som hadde til føremål å nazifisere norsk skole og ungdommen. Den eine var lova om nasjonal ungdomsteneste som påbaud norske ungdommar å gjere teneste i Nasjonal Samlings ungdomsorganisasjon. Den andre lova gjorde det obligatorisk for lærarane å vere medlemmar i den nazistiske lærarorganisasjonen. Dette førte til ein kamp om skolen og foreldra sin rett i barneoppsedinga. Kyrkja med biskopane i brodden engasjerte seg med full tyngd. Skolen var tufta på evangelisk luthersk tru, og kristendomsundervisninga var kyrkja si dåpsopplæring. Tvangsmobiliseringa av barn og unge var i strid med foreldreretten i barneoppsedinga, i følgje biskopane. Gjennom å døype borna, hadde foreldra gjort eit val om ei kristen oppseding, og då hadde ikkje styremaktene nokon rett til å tvinge på dei ei oppseding i ein ikkje-kristen ideologi. Departementet svara biskopane at kyrkja ikkje hadde noko med korleis staten løyste si oppsedingsoppgåve.
Naziregimets overkøyring av foreldreretten og inngrepa i indrekyrkjelege tilhøve gjennom ”Nidaroshendinga” gjorde det klart for biskopane at det var umogleg å oppretthalde eit samarbeid med naziregimet. 24. februar la dei ned embeta sine, og i påska tidleg i april følgde 93 prosent av prestane etter. Frå preikestolane las dei opp vedkjenninga ”Kirkens Grunn”, som grunngav kvifor dei tok dette steget. Skriftet hadde Berggrav som hovudforfattar, og det var godkjend av Kirkens samråd. Kyrkja kunne ikkje vere lojal mot ein stat som ikkje var ein rettsstat. Med utgangspunkt i den lutherske toregimentslæra tolkar ”Kirkens Grunn” tilhøvet mellom stat og kyrkje slik at begge har sitt kall frå Gud. Det inneber at Gud er herre også over staten. Med eit sitat av Luther blir det framheva at staten, ”den verdslige øvrighet”, ikkje skal herske over samvita. Om dei verdslege styremakter vil gripe inn i det åndelege regimentet og ”ta samvittigheten til fange”, då skal ein ikkje lyde dei. Embetsnedlegginga til prestane markerte kulminasjonen av den norske kyrkjekampen. Det kom støtteerklæringar til prestane sin ”påskeaksjon” frå heile kristen-Noreg.
Prestane hadde lagt ned den statlege delen av embeta sine. I praksis innebar det at dei stort sett fekk halde fram å gjere teneste i kyrkjelydane. Men dei opna ikkje post frå staten, mottok heller ikkje lønn, og sidan dei ikkje lenger var statlege embetsmenn, kunne dei ikkje forrette ekteskapsinngåing. Rett nok vart nokre prestar arresterte og somme erstatta med regimelojale menn. Biskop Berggrav vart internert på hytta si i Asker i april 1942. Styremaktene freista å rekonstruere ei regimelojal statskyrkje. Men det var bortimot ei umogleg oppgåve. Berre sju prosent av prestane hadde vorte ståande i stillingane sine. Dei vart fort marginaliserte i kyrkjelydane og fekk ein svært vanskeleg arbeidssituasjon. Naziregimet hadde få andre dei kunne rekruttere til presteteneste.
For resten av krigen var Den norske kyrkja styrt av ei mellombels kyrkjeleiing som måtte gå under jorda. I november 1942 protesterte kyrkjeleiinga mot handsaminga av jødane, men utan at det førte til noko. Deportasjonen av dei norske jødane vart gjennomført som planlagt.
I mai 1945 var Hitler-Tyskland nedkjempa. 8. mai kunne ein endeleg sleppe gleda laus. Noreg var fritt. Kyrkjeklokkene ringde for freden, og det vart halde takkegudstenester i alle kyrkjene i landet. Alt 9. mai var biskopane samla til møte i Oslo for å etablere normale kyrkjelege tilhøve. Alle prestar som hadde slutta seg til NS-kyrkja, fekk brev frå biskopane der dei vart klaga for svik mot land og folk.
17. mai forretta Berggrav friluftsgudsteneste på Akershus festning. I preika til dei mange frammøtte sa han mellom anna at frigjeringa var ”Guds overraskelse over all forstand. Denne dagen er sannhetens, frihetens og rettferdighetens dag (…) Vi satt i dødsskyggens dal, og nå – for en mai! Guds overraskelse er ikke til å fatte.” Som den norske kyrkjekampen sin leiar stod Berggrav som moralsk sigerherre i 1945. Retten skal dømme, sa han i preika, og synte til rettsoppgjeret som måtte kome. Kjærleiken måtte vere det overordna, men samstundes fanst det ikkje kjærleik utan rett.
Etter feiringa av freden venta rettsoppgjeret. I Kirke og Kultur som Berggrav redigerte, publiserte han om hausten fredsåret ein artikkel med tittelen ”Folkedommen over NS”. Her kom han med ein streng dom over Nasjonal Samling. Det mest kontroversielle punktet var at han meinte at sjølv medlemskap i NS var ei straffbar handling. Alle medlemmar i NS bar på ei individuelle skuld, fordi dei hadde teke stilling mot sitt eige folk. Men samstundes kunne ein ikkje støyte dei ut for alltid. Etter at dei hadde sona si straff, måtte dei som hadde forbrote seg, vinnast attende. Dei kunne ikkje gjerast rettslause, det ville vere umogleg i ein rettsstat. Berggrav avviste òg å bruke dødsstraff i rettsoppgjeret, fordi ”en hver fullbyrdet dødsdom er en ulykke for folkets sak”. Dette standpunktet provoserte den norske opinionen, og medverka til å undergrave mykje av den goodwill som kyrkja hadde vunne gjennom krigsåra. Men Berggrav stod ikkje åleine. Fleire av bispekollegane hadde den same oppfatninga.
Den norske kyrkjekampen fekk stor merksemd også i utlandet. Ved juletider 1944, medan Bergrav framleis sat internert, pryda han framsida på det amerikanske Time Magazine. Artikkelen i bladet bar den talande overskrifta ”Bishop Berggrav and the Quisling”. Arne Hassing, som har skrive den nyaste framstillinga av den norske kyrkjekampen, karakteriserer motstanden mot naziregimet som Den norske kyrkjas ”finest hour”.